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发表于 25-9-2008 12:08 PM
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发表于 25-9-2008 12:42 PM
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Bio Malaysia 2008
7-9Oct
KLCC
入场要钱的吗? |
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发表于 25-9-2008 12:59 PM
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回复 762# 我是丑女 的帖子
参观摊子好像不用钱。
如果要去听讲座就要钱。
学生好像是两百大元。 |
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发表于 25-9-2008 03:03 PM
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发表于 25-9-2008 03:17 PM
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啊！晨天使！你太好认了。。。
噢，对了，怎样拿 RNA 的 OD？平时用的 Wavelength 是多少？
很 paiseh。。。我不会。。。。 |
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发表于 26-9-2008 11:23 AM
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回复 765# 海精灵 的帖子
我通常是用NanoDrop 来read OD 和 QC quality。
因为我的rna 会用来run microarray， 所以我拿了concentration 后，会再用BioAnalyzer 来QC。
http://www.nanodrop.com/
http://www.chem.agilent.com/Scripts/PDS.asp?lPage=51
以上这两种方法，都可以给你CONCENTRTION AND QUALITY reading。 不过，如果要QC ， 我比较相信bioanalyzer。 他会告诉你你的28s: 18s ratio， RIN (RNA INTEGRITY NO) 等等的information。他会给你一张类似run gel 的照片。是利用bioanalyzer 里面的capilary run 的。所以一次过，可以让你更清楚你的sample quality 有多好。尤其是downstream要做一些critical experiment 的人。你可以一次过run 12 sample 在一个bioanalyzer chip 上面。不过一个chip 也不便宜。我这里也有帮人做service, 据说价钱大概是百多块一个chip 。
Nanodrop 就比较便宜， 方便， 也很快。
不过相比之下，可以给你的info 比较少。
如果你的extraction protocol 已经well optimise ， 应该没有问题。
你可以从他给你的 OD ratio 知道sample的quality 好不好。 也可以知道concentration。 只需要1 - 1.5 ul 罢了（我的sample 太concentrate， 还需要dilute 10X）， 超级省sample。
在我们这里还没有bioanalyzer 之前，大家都在用nanodrop 的。
用来read rna 的 od 是 260。因为 260 是用来读 nucleic acid 的。 所以不能分辨有没有dna contamination。 要知道有没有dna contamination， 只有一个方法：run agarose gel 。要不然，就一定要treat dnase。 虽然有些extraction kit 说可以eliminate dna。 不过，有些tissue sample 是dna rich， 很难弄得掉。
如果你用nanodrop ， 除了会给你concentraation 以外，还会给你 260 / 280 和 260 / 230 的reading。
这两个reading 非常重要。
260 是你的sample。
280 = protein; 230 = carbohydrate / organic compound。
ratio 约 1。8 - 2。0 左右， 就代表你的sample 没有/很少protein/carbo contamination。
ratio 越小，代表你的sample 有 protein / carbo contamination, extraction 不够干净。
我之前给的Link 就有教你看graph， 说明如何利用以上这两种方法分辨sample 好坏。
如果你的lab 只有一架简单的spectro， 其实你也可以自己来， read 260, 230 & 280， 然后自己除ratio。一样可以知道你的sample 有没有protein / carbo contam。 |
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发表于 26-9-2008 11:24 AM
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发表于 26-9-2008 11:43 AM
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楼主 |
发表于 28-9-2008 12:59 AM
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楼主 |
发表于 28-9-2008 01:00 AM
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发表于 28-9-2008 11:45 AM
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发表于 28-9-2008 11:53 AM
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原帖由 TonyDaisie 于 28-9-2008 01:00 AM 发表 
那你有去咯。。。。。是吗？？
没有哦 。。。去了都不懂做什么 。。。不是我的field。 我最近对protein模式有点兴趣。有谁可以给点简简单单的解释下 。。。 |
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发表于 28-9-2008 11:56 AM
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原帖由 斷羽鳥 于 28-9-2008 11:53 AM 发表 
没有哦 。。。去了都不懂做什么 。。。不是我的field。 我最近对protein模式有点兴趣。有谁可以给点简简单单的解释下 。。。
protein 模式= protein model? |
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发表于 28-9-2008 12:50 PM
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原帖由 lipterstar 于 28-9-2008 11:56 AM 发表
protein 模式= protein model?
是咯 。。。是咯。你懂没有 。。。教教我。 |
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楼主 |
发表于 28-9-2008 02:22 PM
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发表于 28-9-2008 03:09 PM
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其实任何人都没有办法build 100% work的protein。。。
只能做prediction而已。。。
要做一个predict protein model一定是要用bioinformatic的software。。。。
还有你需要那个protein的sequence。。。
然后再找出和你的protein最接近的model 来做你的model的templete（这个model是别人用crystallography technique得来的）
把protein sequence,model templete放进属于protein modeller的software，protein model就会出来了。。。
但是这个model是充满energy的，所以你必须verify还有minimize protein的energy （用software）。。。。来找到比较low energy state的model。。。
我supervisor讲，这个叫protein minimization的step，就算是用super computer,也会用上一天的时间。。。。
这些都是属于computational work，也是一个backup data来support你的lab work。。。
至于lab work就是看你怎样isolate protein还有clone它出来，然后express它，它所有的result都是可以用以上predict出来的model来作分析。。。
er。。。好像解释到很乱水下。。。。
希望你们看得懂。。。。 |
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发表于 28-9-2008 03:33 PM
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发表于 28-9-2008 06:18 PM
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随机 = random?
是random没错，每一次generate的model，energy level都会不一样。。。
只好generate多几次，选最好的咯。。。。 |
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发表于 28-9-2008 11:09 PM
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原帖由 lipterstar 于 28-9-2008 06:18 PM 发表 
随机 = random?
是random没错，每一次generate的model，energy level都会不一样。。。
只好generate多几次，选最好的咯。。。。
哦 。。。原来。 怎样知道那一个是最好的呢？ 选EL最小的？ 又怎样知道到底需要'generate'多少个model呢？ |
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发表于 29-9-2008 12:25 AM
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回复 779# 斷羽鳥 的帖子
这是要看时间限制的，时间充足当然才能够做多几个model....
EL小代表protein structure越stable。。。
通常verify一个做好了的protein后会有一个value，代表这个protein的可用度。。。
只要这个value有接近70%那么这个protein就可以正式用在result and discussion了。。。。
对于像我酱的novice researcher来讲做1-3个model已经不错了，而且能拿到60%以上就很不错下了。。。。
不过我supervisor以前pHD的时候有拿到90%以上。。。。 |
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