木黴菌可以來防治靈芝莖基腐病,木黴菌可在植物體表及傷口上形成一道防線,分泌各種抗生物質抑制病原菌生長,並與病原菌進行競爭作用或是以微寄生及誘導植物產生抗性等機制來保護並防止靈芝菌侵入植物,藉以達到防治病害的目的。使用木黴菌防治病害或抑制病原的主要機制,雖會因木黴菌種類 (species)或菌株 (strain) 的不同而出現主要功能上的差異,但病害防治的整體機制通常會涵蓋一種以上:
(一) 產生抗生素 (Antibiotic production)
沅渼木黴菌(T1、T4)可以產生揮發性或非揮發性抑制病原菌生長的抗生物質,司齊博克(Mary Schirmbock)等人曾觀察到哈氏木黴菌 (T. harzianum) 可產生細胞壁分解酵素及胜肽博素的抗生素,如果把這種抗生素與幾丁質分解酵素結合,可抑制病原菌孢子發芽與菌絲生長。